Fondazione CUMSE Onlus può contare su di un Consiglio Direttivo e un Consiglio Tecnico che si riuniscono settimanalmente per adottare le decisioni più importanti per le attività.
La struttura operativa è invece articolata in diverse Commissioni aventi specifici compiti ed obiettivi, supportate da una Segreteria organizzativa, dall’Amministrazione e dall’Ufficio Comunicazione e Stampa.